В музее «Петровские корабли» 8 залов, каждый посвящён своей тематике. Один оформлен как кают-компания, где на стенах развешаны портреты сподвижников Петра Великого; другой – как комната Петра, в которой можно увидеть и самого императора во весь рост.
Предусмотрены: интерактивный зал с макетами кораблей, постройками того времени, фигурками солдат и военачальников, зал с видео-световой инсталляцией, где можно погрузиться в атмосферу Азовского похода Петра I 1696 года. На стенах расположены барельефы, карты, картины, отражающие события тех времен.